一、叶片不同
两者的叶片有明显的区别。其中牡丹花的叶片基本上都会有分叉，而凤仙花的叶片没有分叉，从叶片上就能区分开。
二、根系不同
牡丹花和凤仙花的根系也不一样。其中牡丹花的根系比较发达，会朝着多个方向进行分根，且根须比较多。而凤仙花的根系是肉质根，即便长得比较健壮，比较大，分根也很少。它的根系通常是往下生长的，根系不发达。所有根系多根系发达的就是牡丹花，相反则是凤仙花。
三、枝条不同
牡丹花在生长期间萌发的枝条是比较多的，有的会微微弯曲，每个芽之间的距离短，枝条非常光滑，且不容易脱皮。而凤仙花的枝条相比要少很多，长的很笔直，每个芽之间的距离长。此外，它的枝条更容易脱皮。
四、花色不同
牡丹花开花的时候花朵大，花瓣数量多，品种丰富，花色丰富多样，常见的 颜色有黄色，绿色，肉红色，深红色，银红色等，观赏价值极高。而凤仙花的花色通常都是白色的，花朵比较小，且是单瓣花。另外，凤仙是可以结种子的，而牡丹通常不会结种。
