重庆大学按照校区和学科设立了三个分馆，分别是A区理工科图书馆，B区建筑图书馆，虎溪校区虎溪图书馆。另外根据不同学部和学院分别设立了学院数字图书馆，如人文学部，社会科学学部l，信息学部，建筑学部，医学部，工程学部，理学部及所含学院。