光合菌能抑制裸藻，光合细菌减少了水体中过多的有机物、氨氮等物质的积累，从而起到改善水质的作用

另一方面，当水体中的营养物质被降低后，蓝藻等有害藻类失去繁殖所需的营养物质基础，也就起到控制蓝藻生长的作用。从这方面说，蓝藻只是起到辅助效果。