裸藻绝大多数是单细胞游动种类，鞭毛1条或2条，罕为3条，只有极少数是由多个细胞聚合成的不定群体，成为群体的只有柄裸藻属，它附生在浮游动物体上。

甲藻多为单细胞个体，丝状的极少。细胞球形到针状，背腹扁平或左右侧扁，前、后端常有突出的角。运动细胞有2条鞭毛，顶生或从横沟和纵沟的交界处的鞭毛孔伸出，1条为横鞭，带状，环绕在横沟中1条为纵鞭，线状，通过纵沟向后伸出。