缸顶过滤器主要是通过水泵来带动的，而缸顶过滤器的水泵可以分为两种类型，一种是干式水泵，另一种是潜水式水泵。带有干式水泵的缸顶过滤器都会带有过滤盒，过滤盒就是进行过滤的主要装置。水泵在草缸的上部，开启水泵之后，草缸里的水被吸入水槽，由于水槽的下部有开口，经过过滤后的水又会流回草缸。

通过潜水式水泵带动的缸顶过滤器和干式水泵带动的缸顶过滤器的原理基本相同，不同的地方主要在于潜水式的缸顶过滤器的水泵安装在草缸的底部。