1993年12月，市郊区改名为任城区。济宁市辖二区三市七县，即市中区、任城区、曲阜市、兖州市、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县、梁山县。

2013年11月，济宁市部分行政区划实施调整：撤销市中区、任城区，设立新的任城区，以原市中区、任城区的行政区域为新设任城区的行政区域撤销兖州市，设立济宁市兖州区，以原兖州市的行政区域为兖州区的行政区域。

目前仅剩邹城和曲阜两个县级市。