山东农业工程学院有食品科学与工程、食品质量与安全、机械电子工程、机械工程、信息安全、人工智能、测绘工程、土地资源管理、工程造价、遥感科学与技术等专业。

截止到目前为止，山东农业工程学院重点专业共有1个专业，其中国家品牌专业0个，校级优势专业1个。

山东农业工程学院是国家教育部批准设立的普通本科高等院校，目前承办普通本科教育、普通专科教育、成人高等教育、县处级领导干部岗位培训、农业科技人员继续教育和新型农民培训