南京理工大学和南京航空航天大学比较的话，南京理工大学综合实力更强一些，这是分数比南航高的最主要原因。南京理工大学和南京航空航天大学都是位于南京市的211高校和双一流建设高校，南京理工大学有A+学科，综合实力也比南航强一些。