北京植物园位于北京的西北郊，东经116 °28 ′，北纬40 °，海拔61.6—584.6米。

北京植物园地处北京五环路之外，在海淀区香山公园和玉泉山（西山卧佛寺附近）之间，坐落在寿安山南麓，西山脚下。