机械哥斯拉之所以失控，是因为基多拉的残留意识在作祟。机械哥斯拉的制作加入了基多拉的dna。

apex公司还将基多拉的骨架再生了一部分，将其植入在了机械哥斯拉的身体中，基多拉的头骨一部分留在了基地驾驶室中，一部分放在机械哥斯拉身体中，这样驾驶员才能用灵能感应来操纵机械哥斯拉。

但令人没有想到的是，头骨中竟然还残留了基多拉的意识，它奸诈狡猾，在apex公司对机械哥斯拉进行最后的演示时将驾驶室中的驾驶员直接电死，然后毁掉了aoex公司，获得了自由。