哥斯拉2艾玛唤醒基多拉是为了借巨兽恢复被人类破坏的地球生态平衡。

唤醒基多拉是刚开始的时候没有人知道这个基多拉有什么特殊的，大家只觉得他和哥斯拉一样是一只很厉害的巨兽。艾玛一开始打算一只一只放。但没想到基多拉并不是地球本土的巨兽是外来侵略者，它的出现使得巨兽们接二连三被唤醒，人类面临浩劫。

反派最初的目的是唤醒怪兽以恢复自然的平衡，让怪兽重新成为地球的主宰，所以在摩斯拉那里测试奥加成功之后，便直奔最强的基多拉，因为理论上光这一只就足够人类疲于应付，反派可以趁机慢慢唤醒其他怪兽。