系统发育树是一种分支图。

在树中，每个节点代表其各分支的近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离。

系统发育树是由一系列节点和分支组成的。

其中每一个节点代表一个分类单元，分支末端的节点对应 一个基因或者生物体。

与外部节点对应，内部节点代表一个推断出的共同祖先。

系统发生树结构的基本信息在计算机程序中常常用一组嵌套的圆括号表示，成为newick格式。