名侦探柯南富士山出现在剧场版第五集《通往天国的倒计时》。

剧情中画面多次给了富士山特写，而最终的犯人犯罪也与富士山有关。因为双子塔的建成让画家没有办法画富士山，因而将受贿来推动大楼建成的官员、双子塔所有者杀掉。并且用打碎的茶杯暗示富士山被大楼割裂。