在神秘果生长缓慢时进行修剪，不宜采用重剪。幼树以促增长、定型为主，宜采用自然开心形或自然圆头形进行修剪。结合抹芽定梢、摘心，促进枝条合理分布，选择健壮的、不同方向 2-3 个芽作为侧枝培养。疏去内膛密枝，剪去徒长枝，以利于主枝外围的枝梢短截。

冬季采果后，剪去病虫枝、徒长枝、下垂枝、过密枝、交叉重叠枝等，选留 1-2 枝成枝力强的枝条替代主枝外围的枝条，作为轮换的结果枝