根据中华人民共和国国务院关于全国寄递物流业管理办法和中华人民共和国邮政法的规定，物流公司的部门监管主要是由两个部门负责，物流公司的消防以及四实登记情况是由公安部门负责，而国家邮政部门则是对物流公司的营业执照，业务管理进行监管。