基本没有区别，昆山行政上属于苏州，车牌都是苏E，现在有苏U抬头，当然一定要细分，苏州下属各县市也是可以通过车牌号码来识别的。总体来讲，牌照办在苏州还是昆山都可以，年审也没有问题。建议结合车辆日常主要活动区域或用车人常住地综合考虑，不同的车牌有可能存在诸如停车费用优惠方面的差别。