国债深市和沪市的分别首先是代码不同，深市国债是以10为开头的，而沪市国债是以01为开头的。另外是市场参与活跃度不同，深市国债的市场参与度不高，投资者购买后多数是为了取得国债利息收入，而沪市国债的市场参与度较高，投资者购买后多数是为了取得国债价格差额。