1、品种不同：

花椒属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用。

绵椒属绵椒目，绵椒科、绵椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。

2、外观不同

花椒果实为绿豆大小的原形颗粒，茎、杆、叶、果实都可食用或药用。虽然全株都可食用，但是烹饪时常用的是果实的外皮。果实未成熟时为青色，成熟后果实外皮为红色，籽为黑色。

绵椒果实为圆形的浆果，外壳不可食用，食用部分仅为内部浆果。绵椒有黑绵椒和白绵椒之分，日常烹饪中黑绵椒比白绵椒更为常用。