孢子虫的检测，大多数时候，根据虾苗上的孢囊很大，肉眼就可以进行初步的判断，如果要进一步确诊是哪一类孢子虫引起，就要借助显微镜进行观察。

在调试时，先从400倍开始观察，最后调至高倍。根据极囊、极丝、碘泡进行判定区分。有时发生孢子虫病孢囊很小，大一点的在体表、鳍条上出现如粟米大小的乳白色胞囊，或是寄生在肌肉里，致虾体表高低不平，或有瘤状突起，或是寄生在肌纤维中、颅内、脊柱，后者判定起来比较困难，可结合虾在水中游动是否异常，是否消瘦加以判定。