1、科室不同

大部分科室在东院（东单），西院（西单）主要是免疫内科，乳腺外科和整形外科，特需门诊提前1个工作日挂号，比如周二早上挂周三的号，周五早上挂下周一的号，提前排队，挂号的头天下午4点左右保安会按排队顺序登记。

2、水平不同

北京协和医院东区是老协和医院西院是合并了原邮电医院形成的。尽管协和派了一些专家支援西院区，但总体上西院远远达不到东院水平。