农村建房两户合建是否合法，要视不同情况而定。一、如果两户都是都是一个村民组的农户，两户要签订合建协议，明确各自出资数额、建成后各自享有的房屋面积等内容，然后共同向村委会申请，同意后呈报乡镇、县市级土地资源管理部门和城乡建设管理部门审批，批准后颁发土地、建房许可证，即可开始建设了。这是合法的。

二、如果其中有非农业户口参与合建的，即为不合法。