大葱软腐病发病初期，喷洒50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或70%敌克松可湿性粉剂200倍液，也可随水灌根。视病情隔7～10天施药1次，共防治2～3次，可有效控制危害。

针对不同时期的防治对象，选择对路农药品种，适期用药。为防止或减缓有害生物抗药性的产生与发展，应当交替轮换用药，每种农药连续施用一般不超过3次。多种病虫混合发生时，宜混合用药。施药过程中，应当最大限度地减少对有益生物的杀伤，避免对邻近作物产生药害。