有益菌是指在人体肠胃生长的，对人体健康起到正面作用的细菌或者真菌。对身体健康有益处的细菌，例如双歧杆菌，乳酸杆菌，酵母菌当中的啤酒酵母，芽孢杆菌如枯草芽孢杆菌。

这些有益菌可以降低胆固醇和血脂的吸收，促进合成维生素尤其是维生素K。部分肠道的有益菌可以促进钙，铁，维生素D的吸收，还可以提高免疫力。