总店在不同时期曾直属于中央党报委员会、中央出版委员会、中央出版局、中央宣传部、国家出版总署、文化部、国家出版局、国家新闻出版总署等领导机关。2002年4月，按照中央文化体制改革战略部署，新华书店总店成为组建中国出版集团的十二家重要成员单位之一。