微生物可分为自养微生物和异养微生物。简单的化合物能够利用光能或氧化作用来获得能量，将自然界中取之不尽、用之不竭的二氧化碳和水合成复杂的细胞物质，不需要有机物作为碳源和能源就能生长、繁殖和代谢的微生物，就叫做自养菌。

而异养菌是指需要在有较为复杂的有机物作为碳源和能源的情况 下，才能生长、繁殖和代谢的微生物，主要包括大多数的细菌、放线菌，所有的酵母菌和霉菌。