吉祥庵站共4个出口。

施工区域周边建筑物密集，且距离较近，因此地铁动工产生的声音难免会影响到周边居民。

1号出入口周边附近多为厂房2号出入口地下穿过天保驾校与南京城市职业技术学院，距离城市职业学院最近的教学楼约54米3号出入口于栖霞区招生委员会办公室南侧，距离现栖霞区招生委员会办公楼约33米4号出入口位于栖霞区人力资源保障局办公楼以北40米，距离西侧最近住宅区仅22米。