由于千湖沙漠靠近赤道，大致属于热带干湿季气候，也就是我们常说的热带草原气候。另一种说法是，这里的沙是由众多河流携带而来，在流经大海的途中受到海流阻滞，被海风吹向陆地，形成沙丘。

要知道，严格意义上千湖沙漠并不算是“沙漠”，因为这里的年降雨量可以达到1600毫升，是撒哈拉沙漠的近300倍，甚至可以与我国的海口相当，这样的降水量也给沙漠中形成湖泊提供了第一大条件。