南京牛首山佛顶宫的舍利子其实是发掘于大报恩寺五色琉璃塔地宫之中。2008年，大报恩寺开始考古发掘，在偶然间发现了这座宋代地宫。这块佛顶真骨舍利便是在地宫出土的，随其一起出土的还有感应舍利、诸圣舍利等物品。最后，被安放在了牛首山佛顶宫。