区别主要在于：芦根是芦苇的根茎，而芦竹根则是芦竹的根茎，芦竹杆要比芦苇高和粗，芦竹的杆上部有分枝，而芦苇没有，芦竹和芦苇性寒芦竹四季都可以采摘。

从形态上来看芦竹根的形态大多不规则，它的外皮是黄色的，而芦根的切面是黄白色。