企业单位在南京银行网银系统办理银企对账的，首先进入南京银行网银，然后点击银企对账菜单，根据网银系统显示的余额和企业银行存款科目进行核对，核对一致的，点击对账相符，并输入U盾密码后提交系统，即可完成对账。