华西本院和分院的主要区别是：医疗诊治科室的类别不同。

近年来，华西医院积极探索加强院外合作办医紧密性的适宜模式，尝试建设“条块结合”一体化管理的集团型医联体。现已建成并运营的集团型医联体有两家医院：华西天府医院和华西医院上镩医院，均由华西医院派驻管理和业务团队，全面负责合作医院的医疗服务、学科规划、运营管理、人力资源管理、后勤管理等各个方面。

华西医院主要负责人在接受记者采访的时候表示：目前的情况来讲，华西医院能够保证每一个院区的医疗质量同质化。