两个词的区别在于，如蝇在喉的意思多用来比喻在看到，听到某些事或某些话，就像苍蝇卡在喉咙里，极不舒服。如鲠在喉的意思多用来比喻心里有话没有说出来，非常难受。比如说，作为亲历者，每当回忆起这段尘封的往事，该权威人士仍然如鲠在喉。