1、身体特征不同：

金头闭壳龟的头部为金黄色，其背部背甲中间第二、三、四或五的盾片呈棕红色，腹甲为黑色有米字形，腹甲四周为强黄色。

三线闭壳龟的头部为橄榄黄色，眼后有柠檬黄弧纹，背部中央有一条脊棱呈浅黄色，腹甲为全黑色。

2、生活环境不同：

金头闭壳龟生活于丘陵地带的山沟或水质较清澈的山区池塘内，也常见于离水不远的灌木草丛中。

三线闭壳龟常活动在森林边缘、河流、湖泊等潮湿处。