1、出资人不同：自然人独资企业只能由自然人出资设立，法人独资是一个具有法人资格的企业作为唯一出资股东设立的公司

2、责任承担不同：在自然人企业中，非法人的自然人企业不能独立承担民事责任。必须由经营者来承担无限连带责任，法人独资是指依照法律规定，由股东出资设立的以营利为目的的社团法人，公司一般能够独立承担民事责任

3、适用法律：自然人独资企业依照个人独资企业法设立，个体工商户依照民法典（2021年1月1日起实施）、城乡个体工商户管理暂行条例的规定设立，法人独资企业依据公司法设立，并受其调整。