尖晶石在显微镜下观察，发现内部结构比较纯净、通透，没有杂质和瑕疵。有细小的、定向排列的或指纹状分布的包裹体。

在显微镜下观察，尖晶石是多面体，因为折射率低，所以，不论从哪个角度看，尖晶石只有一种颜色。

天然尖晶石可以根据内部包裹体的特征与人造尖晶石区别。