孔融少有异才，勤奋好学，与平原人陶丘洪、陈留人边让齐名。汉献帝时期，他历任北军中侯、虎贲中郎将、北海国相等职，时称孔北海。孔融在北海六年，修城邑，立学校，举贤才，表儒术，颇有治绩。后兼领青州刺史。建安元年（196年），袁谭攻北海，孔融与其激战数月，最终败逃山东。不久，被朝廷征为将作大匠，迁少府，又任太中大夫。

他生性喜结宾客，抨议时政，言辞激烈，终在建安十三年（208年）因触怒丞相曹操而被杀。