拼多多恶意下单扣取服务费能申诉回来，商家在申请退店之前必须下架店铺内所有商品，避免出现新的交易，并且店铺内所有订单状态是交易成功状态或者关闭交易状态。

由于在订单确认收货后30个工作日之内，买家可以发起投诉，为避免后续投诉纠纷，商家需在最后一笔订单确认收货的30天后方可申请退店。

如商家曾发生严重发货问题，严重售后问题，或者疑似售假问题，商家需与平台协商妥善解决，并且平台已按照保证金调整规则恢复商家保证金为原保证金金额后，方可申请退店。