呼吸系统的防御功能，有物理机制，化学机制，细胞的吞噬功能和免疫机制形成了呼吸系统的防御功能。

其中物理机制，包括鼻部加温加湿过滤，咽喉部咳嗽反射，鼻腔喷嚏反射，支气管收缩，纤毛运动等。

化学机制，如释放溶菌酶，乳铁蛋白，蛋白酶抑制剂，抗氧自由基的谷胱甘肽和超氧化物歧化酶等。

细胞吞噬，如肺泡局噬细胞及多形核粒细胞等。还有和免疫机制，B细胞分泌抗体，介导迟发型变态反应，从而杀死微生物等。