硫酸铜中的铜离子作为重金属离子，能超过镁离子、钠离子等更快的结合藻类植物叶绿体合成中，代替镁，钠离子，从而导致叶绿体重金属中毒，失去光合作用。机理类似人重金属中毒，或是毒气中毒，最后导致藻类植物死亡。

需要注意的是，由于硫酸铜是一种重金属盐，水溶液呈弱酸性，当与铁、锌金属接触时会产生有毒元素，当用于池塘杀青苔时，为避免毒死鱼类，不要用铁、锌容器盛装。另外，每亩池塘用200-250克硫酸铜杀青苔相对比较安全，如果水中没有养殖生物，可以在5天后重复使用一次。