（1）生活水域的不同：缩骨大头鱼一般生活在水域的上层，而大头鱼生活在水域的中上层。

（2）外形不同：缩骨大头鱼的头部大而宽，口宽大，稍上翘，眼位低，背部黑色，体侧深褐带有黑色或黄色花斑，腹部为灰白而大头鱼的头特别肥大，口大，端位，下颌稍向上倾斜，体侧上半部灰黑色，两侧有许多浅黄色及黑色的不规则小斑点。