主要区别：第一，科属不同，胭脂鱼是鲤形目吸口鲤科胭脂鱼属动物清波鱼是鲤科倒刺鲃属。第二，保护级别不同，胭脂鱼是中国国家二级保护野生动物而清波鱼是普通经济鱼类。

胭脂鱼体长146毫米。体侧面观长椭圆形，侧扁，背鳍始点处体最高腹部宽圆，腹缘较直鳃膜条骨3。除头部外体全蒙鳞，鳞圆形，鳞心位于中央，环纹细密，向后有稀辐状纹。侧线直线形，侧中位。小鱼背鳍前部，臀鳍、尾鳍后端与偶鳍均红黑色，大鱼色较淡。