区别主要在用地性质。

企业产权用地大多是工业用地，只能作为厂房车间使用，有的土地性质是划拨用地，类似这样的土地上建筑属不完全产权非交易类。

房屋所有权土地性质是出让土地，土地上的建筑是可以进行交易的。不完全产权房如想交易，必须先改变土地性质。