摩尔根果蝇实验的研究方法需要以下四个步骤：

1、首先提出假设，当时的杂交实验用的亲本是红眼雌果蝇和白眼雄果蝇，第一代全为红眼果蝇

2、其次那么为什么会出现这种现象呢?作出假设，假设控制果蝇红眼、白眼的基因位于上没有相应

3、然后根据假设来对于现象解释，可以发现假设对于现象很好解释

4、最后摩尔根用测交实验来进行验证，按照假设可以推知当白眼雄果蝇