是从349集开始的

分成两个部分，第一部分从349集-353集，第二部分从377集-389集。第一部分是自来也和佩恩战斗，这一个阶段是因为晓组织一直在抓捕尾兽，而木叶的忍者也是和很多晓组织的成员都战斗过，最后得到的情报就是这个组织可能发源于雨忍村。因为大蛇丸的阴谋，木叶村的实力受到了很大的影响，村子里面的高端战力都非常的忙碌，所以自来也决定自己去雨忍村刺探情报。

自来也的实力非常强大，战斗中基本没有什么弱点，而且战斗经验非常的丰富，最主要的是他还会仙术。能被木叶的高层顾问推荐为五代火影，就可以看出来他的个人实力绝对达到了影级的程度。在和佩恩的战斗中他也展现出了自己的实力，可惜他遇见了有轮回眼的长门，其实他本来有逃生的机会，只不过他为了确认佩恩的情报，最后放弃了这个机会，导致最后战死。

而第二部分就是佩恩进攻木叶村，木叶被摧毁得非常严重，在这个过程中木叶的死伤非常严重，而五代火影纲手也强行使用了很强大的忍术。最后还是靠学会仙术的鸣人出场拯救了木叶，在这个过程中自来也情报的作用也是非常大，最后鸣人打败了佩恩，也拯救了村子。而且成功地说服了长门，后者使用了轮回天生之术，复活了木叶村的很多忍者。