如果两间商铺都是独立的，应该办两个房产证。

因为：

1）商铺的行情，随着经营的效果，价值会增高。无论是买卖，还是租赁都比较抢手。

2）兩间啇铺，独立的房产证，好出租，好管理。

3）两间商铺如果卖掉，都有房产证，可以单独买卖。

所以，两间商铺办理两个房产证最好。