哈尔滨工程大学源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工）1970年，在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位1994年，更名为哈尔滨工程大学。
王牌专业有船舶与海洋工程、能源与动力工程、轮机工程、自动化、水声工程、计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、电子信息工程、工商管理、核工程与核技术、光电信息科学与工程等。
国家级一流本科专业建设点名单：船舶与海洋工程、能源与动力工程、轮机工程、自动化、水声工程、计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、电子信息工程、工商管理、核工程与核技术、光电信息科学与工程。
教育部专业综合改革试点专业：船舶与海洋工程、测控技术与仪器、电子信息工程、核化工与核燃料工程。
