一部分湖泊为泉水补给和临时积水，腾格里沙漠是我国西部沙漠中受夏季东南季风影响最深刻的沙漠，年降水东部可以达到200毫米，西部也在100毫米以上。

大部分湖泊是在距今二三百万年前由古湖盆干涸退缩形成的残留湖，以及古河流的遗迹湖，此外还有祁连山和贺兰山降水形成的地下水不断补充形成的湖泊。

水是生命之源，沙漠中的水，成为许多生灵的补给站。腾格里沙漠还是许多鸟类和走兽的栖息地，人类和万物共同在这里完成着生命的繁衍。