扼杀和抹杀都是动词。都有相同的词素“杀”，都含有“把某种东西除掉，使它不再存在”的意思。都带贬义。

区别是： 

词义略有不同。“扼杀”的基本意义解释是置之死地。意思是掐住脖子弄死。比喻压制、摧残使不能存在或发展。

“抹杀”的基本意思是“勾销掉”。意思是彻底勾销，完全去掉。引申义是指一概不计，完全勾销。

适应范围也不相同。一般说来，象“作用” “功绩”“特点” “区别”一类词语，只适用于“抹杀”，而不适用于“扼杀”。