原核生物的启动子通常位于基因上游（5’端），由几段保守序列构成。在转录起点（TSS）上游约5-10碱基处有保守序列TATAAT，称为Pribnow box或-10 box。其AT丰富，有助于局部解链。

在大约-35位有一段保守的TTGACA序列，称为-35序列或Sextama box，提供RNA聚合酶识别的信号。这两段序列和转录起点都是转录必不可少的，称为核心启动子（core promoter）。