东南大学生物医学工程位列全球151-200名，另根据最新校友会2022中国大学生物医学工程专业排名（研究型）榜单，东南大学全国并列第3名。

东南大学在国内较早设立生物医学工程专业、建设生物医学工程学科。2005、2010年连续两次被评为全国优秀博士后流动站。连续在2007、2012年的生物医学工程学科全国评估中排名第一，2017年学科评估为A+。